Nosokomiale Infektionen können exogen oder endogen entstehen. Exogen sind Infektionen dann, wenn Erreger von anderen Patienten oder aus der Umwelt auf den Patienten übertragen werden. In diesem Fall spielen bei der Übertragung die Hände des medizinischen Personals die wichtigste Rolle. Exogen bedingte nosokomiale Infektionen sind grundsätzlich vermeidbar – insbesondere durch regelmäßige Händedesinfektion.

Endogene Infektionen sind auf die eigene Keimflora des Patienten zurückzuführen, v. a. auf die Hautflora. Auf jedem Quadratzentimeter Haut siedeln bis zu zehn Mio. Keime. Diese gehören zu einer gesunden Haut und nehmen wichtige Funktionen wahr. Die Hautflora bildet z. B. durch ihre Ausscheidungen den Säureschutzmantel, der die Haut vor Infektionen schützt. Kommen Erreger der körpereigenen Flora durch chirurgische Eingriffe, medizinische Devices (z. B. zentrale Venenkatheter) oder maschinelle Beatmung in sterile Körperbereiche, können sie dort Infektionen verursachen. Diese endogenen Infektionen lassen sich nicht grundsätzlich komplett vermeiden. Das Risiko kann durch geeignete Maßnahmen (u. a. Patientendekolonisation, VAP-Bundle, Katheter-Bundle) jedoch deutlich reduziert werden.

Unter den Top drei der nosokomialen Infektionen in Österreich sind in wechselnder Reihenfolge seit Jahren postoperative Wundinfektionen, Atemwegsinfektionen (inkl. andere tiefe Atemwegs-erkrankungen) sowie Harnwegsinfektionen.